Ekosistem mengalami perubahan sepanjang waktu. Komponen-komponen di dalam ekosistem dapat mengalami peningkatan maupun penurunan jumlah populasi. Misalnya, pada saat musim hujan, sebuah kebun akan mendapatkan lebih banyak air daripada biasanya. Tanaman tumbuh dengan baik. Tikus-tikus tanah juga akan mendapatkan lebih banyak makanan daripada biasanya. Hal ini akan menyebabkan peningkatan populasi tikus tanah pada kebun tersebut. Peningkatan jumlah tikus tanah akan menyebabkan meningkatnya populasi ular tanah. Hal ini disebabkan ular tanah mendapatkan banyak makanan berupa tikus tanah pada musim itu.
Pada musim kemarau, air yang turun di kebun tersebut tentu berkurang. Tanaman tumbuh lebih lambat. Makanan yang dihasilkannya juga lebih sedikit. Keadaan ini akan mengakibatkan menurunnya populasi tikus tanah yang memakan tanaman di kebun itu. Akibatnya, populasi ular tanah pun akan berkurang, karena berkurangnya sumber makanan pada musim itu. Ekosistem mengalami perubahan baik secara alami maupun karena kegiatan manusia. Perubahan musim, seperti dijelaskan di atas, merupakan salah satu contoh perubahan alami.
Selain musim, yang termasuk faktor perubahan alami adalah bencana alam berupa gunung meletus, gempa, tanah longsor, kebakaran hutan, tsunami, angin ribut, dan banjir. Secara umum, penyebab terganggunya keseimbangan ekosistem atau lingkungan dibagi ke dalam dua kelompok besar yaitu karena faktor alam dan faktor manusia.
A. Faktor Alam
Faktor alamiah merupakan penyebab kerusakan ekosistem yang terjadi murni karena musabab alam. Misalnya saja gempa bumi, terjadinya kebakaran hutan akibat cuaca, bajir, longsor, tsunami dan masih banyak lagi lainnya. Peristiwa tersebut memicu terjadinya perubahan ekosistem misalnya saja saat Gunung Merapi di wilahyah Jawa Tengah meletus, maka kerusakan ekosistem di sekitar Merapi tak bisa dihindarkan. Mahluk hidup baik itu hewan dan tumbuhan bahkan manusia bisa mati. Hal tersebut sama saja dengan peristiwa semacam gempa dan banjir, akan berakibat pada terganggunya kestabilan ekosistem. Sebagai sebuat kesatuan, maka jika dalam sebuah ekosistem terdapat satu organisme yang mati maka akan berpengaruh pada keadaan organisme lainnya.
Manusia dapat menjadi faktor penyebab terjadinya perubahan ekosistem. Manusia melakukan berbagai kegiatan untuk memenuhi kebutuhan hidupnya. Untuk memenuhi kebutuhannya tersebut maka manusia melakukan sejumlah kegiatan yang justru berperan dalam kerusakan lingkungan di sekitarnya. Ada beberapa kegiatan manusia yang menyebabkan terganggunya keseimbangan ekosistem. Antara lain:
- Kegiatan penebangan dan pembakaran hutan. Dua kegiatan ini bisa menimbulkan kerusakan yang sangat serius bagi ekosistem. Tak hanya menyebabkan banjir juga longsor, berkurangnya pohon yang merupakan paru-paru dunia ini akan membuat iklim di bumi terganggu. Penebangan pepohonan akan membuat tanah tidak lagi terkunci secara benar sehingga mudah longsor dan udara tidak lagi bisa didaur ulang sehingga kadar oksigen semakin berkurang. Pembakaran hutan jauh lebih berbahaya lagi sebab bisa membunuh semua makhluk hidup yang ada di dalam hutan tersebut dan menyebabkan kelangkaan beberapa tanaman tertentu.
- Perburuan hewan yang tak terkendali. Manusia membutuhkan hewan baik itu sebagai salah satu bahan makanan maupun sebagai rekreasi. Manusia mengkonsumsi hewan, misalnya ikan, bukan hal yang merusak jika dilakukan dengan cara yang wajar. Namun, manakala manusia menangkap ikan dengan bom peledak, racun atau kejut listrik, maka bisa dipastikan akan berakibat buruk pada keseimbangan lingkungan. Hewan sebagai rekreasi. Terkadang banyak manusia yang menangkap hewan hanya untuk dipelihara dan dijual demi tujuan komersil mislanya bahan garmen dan semcamnya. Hal ini sangat buruk dan berdampak pada kelangkaan hewan tertentu.
- Kegiatan pemakaian pupuk yang berlebihan. Aktivitas pertanian manusia juga terkadang bisa mengganggu keseimbangan alam. Pupuk digunakan untuk memaksimalkan hasil pertanian. Ada dua jenis pupuk yang digunakan yakni pupuk alami dan pupuk buatan. Penggunaan pupuk alami tidak membahayakan organisme lainnya sementara itu penggunaan pupuk buatan, jika digunakan secara berlebihan akan berbahaya bagi organisme lainnya.
- Kegiatan pembuangan sampah dan limbah. Ratusan milyar manusia di dunia ini, setiap melakukan kegiatan pasti menghasilkan sampah juga limbah. Sebut saja limbah dari rumah tangga, transportasi, pertanian, hingga limbah industri. Apabila tidak diurai secara cermat makan limbah dan sampah ini akan mengganggu keseimbangan ekosistem dan mengancam nyawa organisme lainnya.
- Kegiatan yang mencemari lingkungan. Pencemaran terhadap tanah, pencemaran terhadap udara, pencemaran terhadap suara, dan juga pencemaran terhadap air. Pencemaran tanah terjadi dengan cara menciptakan limbah yang tak bisa diurai hingga ribuan tahun lamanya, misalnya saja plastik. Pencemaran suara misalnya oleh suara bising yang merusak pendengaran organisme. Pemcemaran air misalnya dengan masuknya bahan padat maupun cair di dalam air yang membahayakan organisme di dalam air. Sedangkan pencemaran udara adalah masuknya berbagai polutan ke udara baik itu dari asap kendaraan, debu juga jelaga.
Dalam suatu ekosistem yang masih alami dan belum terganggu akan didapati adanya keseimbangan antara komponen-komponen penyusun ekosistem tersebut keadaan ini disebut homeostatis, yaitu kemampuan ekosistem untuk dapat menahan berbagai perubahan alam dalam sistem secara menyeluruh. Ekosistem yang dikatakan seimbang adalah apabila semua komponen baik biotik maupun abiotik berada pada porsi yang seharusnya baik jumlah maupun peranannya dalam lingkungan. Dalam ekosistem terjadi peristiwa makan memakan yang kita sebut dengan istilah rantai makanan. Idealnya dalam sebuah rantai makanan jumlah masing-masing anggotanya harus sesuai dengan aturan ekosistem.
Ketidakseimbangan ekosistem terjadi apabila semua komponen biotik maupun abiotik tidak berada pada porsi yang seharusnya baik jumlah maupun perananya dalam lingkungan. Sehingga dapat dikatakan tidak seimbang jika salah satu komponen pada ekosistem tersebut rusak. Misalnya populasi tikus di sawah sedikit karena terus diburu oleh para petani akan mengakibatkan populasi ular menurun karena kehabisan makanan berupa tikus.